|
|
Shlukování proteinových sekvencí na základě podobnosti primární struktury
Jurásek, Petr ; Stryka, Lukáš (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Diplomová práce je zaměřena na shlukování proteinových sekvencí na základě podobnosti primárních struktur. Seznamuje s daty v podobě aminokyselin, které tvoří primární strukturu proteinů. Představuje základní algoritmy pro porovnávání podobnosti proteinových sekvencí. Popisuje shlukovou analýzu a metody shlukování. Praktickou část práce představuje návrh vzdálenostní funkce pro proteiny a implementace metod shlukování AGNES, k-means, k-medoids v jazyce Python.
|
|
|
Analýza nástrojů pro zjišťování podobnosti terciárních struktur proteinů
Trlica, Jiří ; Vogel, Ivan (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Porovnání trojrozměrných struktur proteinů má zásadní význam pro molekulární biologii. Jedním z nejvýznamnějších je možnost odvodit funkci neznámého proteinu od strukturně podobného proteinu, jehož funkce je již známá. Nástrojů pro zarovnání struktur existuje celá řada. V rámci této práce bylo vybráno pouze pět z nich, lišících se různými principy výpočtu. Kvalita nástrojů byla ověřena na třech proteinech z hlavních proteinových tříd (all-α, all-β, α/β), které byly zarovnány vůči podmnožině struktur z databáze PDB čítající 2 357 proteinů. Výsledky byly vizualizovány prostřednictvím ROC křivek a nástroje srovnány podle hodnoty ploch pod těmito křivkami (metrika AUC). Podle této metriky byl nejúspěšnějším nástrojem SPALIGN.
|
|
| |
|
|
Protein Classification Techniques
Dekrét, Lukáš ; Zendulka, Jaroslav (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Main goal of classifying proteins into families is to understand structural, functional and evolutionary relationships between individual proteins, which are not easily deducible from available data. Since the structure and function of proteins are closely related, determination of function is mainly based on structural properties, that can be obtained relatively easily with current resources. Protein classification is also used in development of special medicines, in the diagnosis of clinical diseases or in personalized healthcare, which means a lot of investment in it. I created a new hierarchical tool for protein classification that achieves better results than some existing solutions. The implementation of the tool was preceded by acquaintance with the properties of proteins, examination of existing classification approaches, creation of an extensive data set, realizing experiments and selection of the final classifiers of the hierarchical tool.
|
|
| |
|
|
Vývoj vybraných CD znaků a jejich role ve fylogenezi imunitního systému člověka
Podolská, Tereza ; Růžičková, Šárka (vedoucí práce) ; Vinkler, Michal (oponent)
V první části práce byl zjišťován původ vybraných povrchových CD znaků člověka, konkrétně molekul CD19, CD20, CD21, CD24, CD27 a CD38. Dále byly v práci mezidruhově porovnávány sekvence nukleotidů a aminokyselin těchto molekul pomocí in silico přístupu. Využity byly bioinformatické databáze sekvencí vybraných molekul na úrovni DNA, mRNA a proteinu, například GeneBank, NCBI BLAST, Homologene a OrthoDB. Záměrem bylo na doménové úrovni identifikovat nejpůvodnější organismy, u nichž lze sledovaný protein poprvé nalézt. V N-koncové doméně molekuly CD38 ptáků byla nalezena sekvence vykazující významnou podobnost s archebakteriální flagelinovou doménou. Tato flagelinová sekvence se u ptačí molekuly CD38 nachází v oblasti transmembránové domény, což naznačuje, že výskyt této sekvence mohl se vznikem tramsmembránové domény souviset. Použitý postup by bylo možné zařadit do komparativních hybridizačních studií jako nástroj v přípravné nelaboratorní fázi výzkumu existence paralogů a ortologů u fylogeneticky starých druhů. Klíčová slova: CD znak, imunocyt, B lymfocyt, vrozená a adaptivní imunita, databáze sekvencí, aminokyselina, nukleotid
|
|
| |
|
|
Protein Classification Techniques
Dekrét, Lukáš ; Zendulka, Jaroslav (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Main goal of classifying proteins into families is to understand structural, functional and evolutionary relationships between individual proteins, which are not easily deducible from available data. Since the structure and function of proteins are closely related, determination of function is mainly based on structural properties, that can be obtained relatively easily with current resources. Protein classification is also used in development of special medicines, in the diagnosis of clinical diseases or in personalized healthcare, which means a lot of investment in it. I created a new hierarchical tool for protein classification that achieves better results than some existing solutions. The implementation of the tool was preceded by acquaintance with the properties of proteins, examination of existing classification approaches, creation of an extensive data set, realizing experiments and selection of the final classifiers of the hierarchical tool.
|
|
| |
|
|
Adsorpce nízkomolekulární složky organických látek produkovaných fytoplanktonem na aktivním uhlí při úpravě vody
Fialová, Kateřina ; Pivokonský, Martin (vedoucí práce) ; Kopecká, Ivana (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá studiem adsorpce nízkomolekulární složky organických látek produkovaných fytoplanktonem - AOM (Algal Organic Matter) na aktivním uhlí - AC (Activated Carbon), při úpravě pitné vody. Pro experimentální účely byly nízkomolekulární AOM v práci zastoupeny vybranými aminokyselinami (AMK), které jsou konvenční úpravou vody pomocí koagulace obtížně odstranitelné. Jako adsorbent byl použit detailně charakterizovaný druh granulovaného aktivního uhlí (GAC) - Filtrasorb TL 830 (FTL830), který je určen přímo pro účely úpravy vody. Na GAC byly prováděny rovnovážné vsádkové adsorpční experimenty se třemi modelovými AMK, argininem (Arg), phenylalaninem (Phe) a kyselinou asparagovou (Asp). Prostřednictvím adsorpčních testů byla zkoumána účinnost odstranění AMK v závislosti na teplotě roztoku a hodnotě jeho pH. Výsledky adsorpčních experimentů prokázaly, že teplota má na účinnost adsorpce vliv. Ačkoli je adsorpce ve své podstatě popisována jako exotermní proces, adsorpce Arg a Phe z vodného roztoku na GAC probíhala účinněji při vyšší teplotě, tedy endotermně. V případě adsorpce argininu bylo zjištěno, že vliv teploty roztoku je menší, než vliv hodnoty pH. Nejvyšších účinností bylo dosaženo při nejvyšší zkoumané teplotě 25 žC a pH 9. Za těchto podmínek zde byly hlavním mechanismem...
|
host ::
RSS.